まず、以下のページの通り、
認証のためのシステムごとに多要素認証の設定を使い分ける必要があります。
https://icts.nagoya-u.ac.jp/ja/services/nuid/CAS/mfa-systems.html

アクセスしようとしているページと、
入力しているワンタイムパスワード(6桁の数字)が、対応したものかご確認ください。
(認証アプリでは、設定事に名前がついており、それで見分けることができます。
多要素認証CASは、デフォルトで「NU Central_Authentication_Sertvice」と設定されます。
あるいは、ご自身で設定した名前です。)


ログインを試みている画面が、
緑と白を基調とした、多要素認証CASの認証の画面で間違いない場合、
以下のページをご確認ください。
https://qa.icts.nagoya-u.ac.jp/faq/article.php?k_id=84